Im Außengelände des Museums hinter dem Gebäude ist ein kleiner Klostergarten nach historischen Vorbildern angelegt, der während der Öffnungszeiten des Museums besichtigt werden kann. Hier werden Küchenkräuter und alte Kloster-Heilkräuter angepflanzt. Da in den mittelalterlichen Kloster-Kräutergärten meist nur etwa 20 Arten gezogen wurden, sind im Haus der Natur - Cismar einige Arten ergänzt worden, so dass der Pflanzenbestand im Museumsgarten etwa 100 Arten bzw. Sorten von Kräutern umfasst, naturgemäß jahreszeitlich etwas schwankend, da die einjährigen Kräuter nur im Sommerhalbjahr kultiviert werden. Der Besuch im blühenden Kräutergarten ist nicht nur ein Augenschmaus, sondern auch ein Genuss für die Nase, denn viele der alten und neuen Kräuter duften sehr aromatisch.
Natürlich ist der Kräutergarten ausführlich beschildert, so dass auch Angaben zur historischen und aktuellen Verwendung der Pflanzen nachgelesen werden können. Viele der Pflanzen im Kräutergarten werden sehr gerne von Insekten besucht. Bei schönem Wetter können Sie z.B. zahlreiche Schmetterlinge beobachten. Die im Museumsgarten befindlichen Nist- und Wohnhilfen für Tiere sind vielfältig, große Insektenhotels, sogar in Form des Eingangsschildes, locken viele kleine Bewohner. Viele verschiedenartige Nisthilfen sind regelmäßig von Vögeln bewohnt, besonders erwähnenswert ist die kleine Kolonie von Mauerseglern, die alljährlich im Sommer den Luftraum um das Museum bevölkert. Im Museumsgarten haben Tiere Vorrang vor den Bedürfnissen der Menschen, es kann Ihnen also schon durchaus passieren, dass Sie auf einem der Stühle im Garten ein Schild finden, dass dieser Stuhl als Ansitz für den Fliegenschnäpper reserviert ist.
Im Außengelände des Museums befindet sich außerdem der von einem Gehege umschlossene Teich für die Sumpfschildkröten. Diese heimische Schildkrötenart kann bei guter Witterung und von geduldigen Besuchern im Museumsgarten beobachtet werde.
Am Haus der Natur kann man auch seinen Spaziergang über den Naturlehrpfad beginnen. Auf dem Museumsgelände selbst und im 150 m benachbarten Klosterpark sind zahlreiche heimische Pflanzen und Tiere auf Beschilderungen vorgestellt. Der Klosterpark mit seinem eindrucksvollen alten Baumbestand auf der Ringwall-Anlage ist einen Besuch wert.
Für Kindergruppen, Schulklassen oder interessierte Erwachsenengruppen können auch Führungen oder Aktionen im Außengelände durchgeführt werden. Zum Beispiel nutzt der jährliche Kinder- und Jugendtag (im August) immer auch den Museumsgarten und die wöchentliche Kinder- und Jugendgruppe "Junge Naturforscher" besucht und erforscht regelmäßig die verschiedensten Biotope in der Umgebung. Und natürlich finden auch die Angebote im "Bildungsspaß Ostholstein", die im Haus der Natur - Cismar gebucht werden können, ebenfalls drinnen und draußen statt.